整形外科領域の骨軟部感染症が難治化する一因としてバイオフィルムの関与が挙げられる。バイオフィルムは細菌の集合体を細胞外マトリックスで囲まれた構造をしており、抗菌薬が中に入りにくく、多くの抗菌薬に耐性を示す。

　整形外科領域の人工関節や骨接合材料のインプラントは、その表面にバイオフィルムが形成されやすい。また、骨折により生じたgapや軟部組織損傷により生じたdead spaceには血腫、浸出液が貯留しやすい。外傷や感染で血流の悪くなった組織が存在することも多い。このような環境では感染を合併しやすく、抗菌薬を経静脈的に投与しても組織に移行する量は限られる。このため、徹底的な掻爬と骨軟部組織の再建が現在の治療のスタンダードとされる傾向ではあるが、どの施設でも選択可能な治療法ではなく、またその治療の完遂には患者の健常な組織（donor site）を必要とする。